Аудит будь-якої компанії є важливих ланкою в роботі бухгалтерії, тому необхідно професійне проведення цієї процедури. У ході роботи доведеться враховувати велику кількість даних, починаючи від заробітної плати та закупівель видаткових матеріалів і закінчуючи витратами на міні АТС та іншими витратами. Природно, що без використання інформаційних технологій тут не обійтися, тому застосування АБС частіше за все необхідно. Втім, незважаючи на численні плюси у такого підходу є і свої недоліки, які варто врахувати, а головне - попередити їх прояв.
Першим мінусом використання комп'ютерного забезпечення є можливість його збою або відмови. Крім того, при проникненні в бази даних компанії зловмисник може змінити всі цифри, що спричинить за собою помилку в розрахунках та інші неприємності. Для того, щоб уникнути цього, необхідно використовувати тільки надійне програмне забезпечення, а також не скупиться на it-відділ фірми - тоді інформація буде в цілості. Другим недоліком є необхідність ручного введення всіх даних для аудиту: з огляду на їх великий обсяг, адже там містяться і АТС, і робочі витрати - загалом, все - велика ймовірність помилки при наборі.
Для того, щоб мінімізувати цей ризик рекомендується при аудиті використовувати метод подвійного набору: всі документи вводяться двічі, причому різними співробітниками. Відповідно, інформація вважається достовірною тільки у випадку її ідентичності, і, хоча це займає більше часу, надійність методу висока.
Для того, щоб скоротити часові витрати на аудит, можна вводити не всі дані, а основні кореспондуючі рахунку і сума (іноді навіть обходяться тільки сумою). Можна навіть оптимізувати процес: наприклад, подвійне введення використовувати тільки для великих сум або для рахунків особливої важливості - тоді інформацію можна вводити частково або повністю. Умови можна змінювати в залежності від потреби: якщо рахунків у компанії не так і багато, то можна піддавати подвійного обліку всі операції, в іншому випадку зробити вибірку для безпеки введення даних.