Існує два види контролю якості роботи аудитора: контроль основного аудитора за роботою своїх асистентів, контроль аудиторської фірми за роботою аудитора.
Основний аудитор несе повну відповідальність за виконання аудиту. В процесі проведення аудиторської перевірки він повинен постійно контролювати і направляти роботу, виконувану асистентами.
Асистенти, яким передаються результати роботи, повинні бути відповідним чином проінструктовані про їх відповідальність і завдання процедур, які вони повинні виконати, про діяльність підприємства і можливих облікових аудиторських проблеми, які можуть впливати на сутність, час проведення і масштаб аудиторських процедур. Письмова програма аудитора є важливим елементом для передачі аудиторських повноважень.
Контроль з боку аудиторської фірми за роботою аудитора здійснюється, по-перше, за допомогою обговорення та перевірки обгрунтованості аудиторського плану і програми проведення аудиту у даного клієнта, по-друге, за допомогою суворого дотримання організаційно-етичних принципів аудиторських, по-третє, деякі аудиторські фірми практикують повторні, безкоштовні для клієнта повторної перевірки достовірності звітності іншим аудитором фірми вже після видачі аудиторського висновку основним аудитором.