Організаційна стадія включає вибір об'єкту аудиту і його організаційно-методичну підготовку.
Вибір об'єкту аудиту полягає у встановленні першочерговості об'єкту перевірки.
Виходячи з характеру діяльності підприємства, зміст контролю визначає потребу у фахівцях, яких слід притягнути з апарату підприємства, тобто формують бригаду контролерів. Після цього видається організаційно-розпорядливий документ - наказ, розпорядження керівника підприємства. У нім вказують найменування підприємства, вид аудиту, період, прізвище, ім'я, по батькові, посаду кожного члена аудиторської бригади, термін проведення аудиту. Керівником аудиторської бригади, як правило, призначають працівника аудиторської фірми.
Організаційно-методична підготовка аудиту починається з визначення стану економіки об'єкту аудиту. Бригада аудиторів до виїзду на об'єкт вивчає:
Виробничо-фінансовий план (бізнес-план) економічного і соціального розвитку, річну і періодичну бухгалтерську і статистичну звітність, акт попередньої контрольної перевірки і рішення по ній. документи тематичних перевірок, обстежень, різних службових розслідувань і прийнятих по них рішень. Аналізують фінансовий стан підприємства, збереження його власності, розрахунково-кредитні стосунки, платоспроможність, зауваження установ банків, податкових органів з питань їх компетенції і тому подібне
На підставі вивчених питань розробляється програма аудиту, яку затверджує керівник аудируемого підприємства. У ній вказуються об'єкт контролю, його зміст і послідовність перевірки, періоди для вибіркового і суцільного контролю і тому подібне
Наступний етап - вибір методики аудиту. Визначаються методичні прийоми і контрольно-аудиторські процедури, застосування їх при перевірці різних об'єктів контролю, використання засобів обчислювальної техніки і тому подібне
Конкретизують ці питання при розробці плану-графіку аудиту. План-графік передбачає становлення терміну перевірки кожного об'єкту (розділу, теми) і виконавців, виходячи із загального терміну проведення аудиту.
Завершується організаційна стадія складанням робочого плану аудитора де кожен виконавець по виділеному йому керівником бригади об'єкту і терміну завершення контролю встановлює проміжні інтервали часу і елементи виконуваних робіт.